Cuando rooteas no pierdes ni la configuración, ni los datos, ni las apps de la desire, pero a partir de S-OFF lo pierdes todo. Se recomienda backups de la cosas que creamos importantes.
Si no estás seguro de algo, documentate bien primero, puedes conjelar el teléfono y que solo sirva de pisapapeles.
Leer -> Before you do anythig: cyanogenmod.com: Before you do anything
Descargar mientras -> Hay que descargar e instalar el SDK de android y tarda bastante, por lo que se puede ir haciendo mienstras rooteas, S-OFF, etc.